MUI adalah organisasi yang didanai pemerintah Indonesia yang bertindak secara "independen" atau bebas mandiri daripada campur tangan pemerintah tersebut. Namun dalam beberapa situasi, MUI diminta untuk menyokong dasar-dasar kemukaan pemerintah. Contoh dari keadaan ini (yang akhirnya menyebabkan gesekan dalam tubuh MUI sendiri) adalah permintaan pemerintah Indonesia agar MUI mendukung program kawalan kelahiran Keluarga Berencana kerana banyak kalangan tokoh agama berpengaruh dalam negara ini menolak beberapa aspek dari program ini.[14]